Fomentar e promover o ecossistema de inovação do Estado (incubadoras, aceleradoras, núcleos de inovação tecnológica, parques tecnológicos e statups) por meio da pesquisa em Ciência e Tecnologia como instrumento para o desenvolvimento empresarial e aumento da competitividade em pequenas e médias empresas. Além de favorecer o desenvolvimento econômico e social, e integrar o ambiente acadêmico com as empresas de setores afins, visando resolver problemas tecnológicos de interesse comum.
A Fundect investe recursos próprios e de Agências de Fomento como CNPq, FINEP, MCTIC, INCT, SEBRAE, SESI e CAPES para lançamento de editais.
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